농업회사법인 세제 혜택 완전 정리
작성일: 2025년 10월 24일
·
최근 수정일: 2025년 12월 16일
목차
1. 농업회사법인이란?
농업회사법인은 농업을 직접 경영하거나, 농산물의 유통·가공·판매를 목적으로 설립된 법인이에요. 국가는 농업 생산성 향상과 농산업 발전을 위해, 농업회사법인에 다양한 세제 감면과 정부 지원을 제공해요. 이 가이드는 농업회사법인이 받을 수 있는 주요 혜택을 3가지 시점(자본 변동, 수익 운용, 자산 보유)으로 정리했어요.
2. 농업회사법인이 받을 수 있는 주요 혜택 한눈에 보기
구분 | 주요 혜택 | 적용 내용 |
|---|---|---|
세제 혜택 | 법인세, 양도소득세, 배당소득세, 취득세·재산세, 부가가치세 | 사업 단계별로 세금 감면 및 면제 가능 |
정부지원사업 | 스마트팜 창업 정책 자금, 농업종합자금, 농기계구입자금, 청년농업인 영농정착지원금 | 창업, 기술투자, 설비 구입, 청년농 지원 중심 |
농업회사법인의 절세 구조는 ‘언제 어떤 활동을 하느냐’에 따라 달라져요. 아래에서 단계별로 받을 수 있는 혜택을 자세히 살펴보세요.
3. 세제 혜택 - 3가지 상황에서 받는 절세 효과
1. 자본 변동 시 절세 효과
법인을 설립하거나, 개인이 보유한 토지·농지를 현물로 출자할 때 받을 수 있는 세금 감면입니다.
양도소득세 감면
농지나 초지를 법인에 출자할 때 발생하는 양도소득세를 전액 면제받을 수 있어요. 단, 출자일로부터 3년 이내 재양도하거나 2026년 12월 31일 이후 출자할 경우 혜택이 제한돼요.
출자 대상 | 감면 내용 | 감면 조건 |
|---|---|---|
농지 또는 초지 | 양도소득세 100% 면제 | 2026년 12월 31일 이전 출자분만 해당. 이후 재양도 시 감면 취소 |
부동산 | 이월과세 적용 가능 | 농작물 재배·축산·임업에 직접 사용하는 부동산이어야 함 |
양도소득세 신청 방법
자본을 현물로 출자할 계획이라면, 출자 시점부터 감면 조건과 기한을 반드시 확인해야 해요.
- 관할 세무서에 과세표준신고서와 양도소득세 이월과세 신청서, 농업경영체 등록확인서를 제출
- 현물 출자일이 속하는 달의 말일부터 2개월 이내 신고
2. 수익 운용 시 절세 효과
영농 활동으로 이익을 얻거나 배당금을 지급할 때 받을 수 있는 감면 혜택입니다.
법인세 감면
농업회사법인은 농어업경영체로 등록되어 있으면, 영농 활동으로 발생한 소득에 대해 아래와 같이 법인세 감면을 받을 수 있습니다.
면제 및 감면 범위 | 감면율 |
|---|---|
식량작물 재배 소득 (쌀, 보리 등) | 법인세 100% 면제 |
기타 작물 재배업 소득 | 일정 한도 내에서 면제 (50억 원 한도 내 비율 적용) |
축산·임업 및 농산물 유통·가공·판매·농작업 대행 소득 | 5년간 법인세 50% 감면 (최초 소득 발생 과세연도 포함) |
법인세 신청 방법 및 시점
- 사업연도 종료 후 3개월 이내 관할 세무서 신고
- 제출서류: 세액감면신청서, 소득구분명세서, 농업경영체 등록확인서
배당소득세 감면
농업회사법인이 주주에게 배당할 때 발생하는 배당소득에 대한 소득세도 감면받을 수 있습니다.
배당 소득 구분 | 감면 내용 | 감면 조건 |
|---|---|---|
식량작물재배업 소득 | 배당소득세 100% 면제 | 2026년 12월 31일까지 지급한 배당금에 한함 |
식량작물 외 소득 | 15.4% 분리과세 (종합소득 제외) | 동일 기한 내 지급분만 해당 |
배당소득세 신청 방법
농업회사법인의 핵심 절세 포인트는 ‘수익의 종류를 명확히 구분’하는 거예요. 어떤 작물에서 발생한 소득인지에 따라 감면율이 달라져요.
- 배당금을 지급한 달의 다음 달 말일까지 세무서에 세액면제신청서 제출
- 농업경영체 등록확인서 및 배당소득 발생 증빙서류 첨부
3. 자산 보유 시 절세 효과
농업회사법인이 영농에 필요한 부동산이나 기자재를 취득·보유할 때 받을 수 있는 세금 감면입니다.
취득세 및 재산세 감면
감면 대상 | 감면 내용 | 감면 조건 |
|---|---|---|
영농 목적 부동산 취득 | 취득세 75% 감면 | 법인 설립 2년 이내 취득 시, 2027년 12월 31일까지 적용 |
설립 2년 이후 취득 | 취득세 50% 감면 | 동일 기한까지 적용 가능 |
영농·유통·가공용 부동산 | 재산세 50% 감면 | 과세 기준일(매년 6월 1일) 현재 직접 사용 중인 경우 |
취득세 및 재산세 신청 방법
감면받은 부동산을 일정 기간 내 직접 사용하지 않거나 매각하면 세금이 추징돼요.
- 부동산 소재지 관할 시·군·구청 세무과에 지방세감면신청서 제출
- 제출서류: 농업경영체 등록확인서, 법인등기부등본, 감면 사유 증빙자료
부가가치세 면제 및 환급
농업용 기자재를 구매할 때 부가가치세 영세율이 적용됩니다. 농업회사법인은 부가세 환급을 통해 추가 절세 효과를 얻을 수 있어요.
혜택 내용 | 적용 품목 | 신청 시점 |
|---|---|---|
부가가치세 영세율 및 환급 | 농업용 기자재 66종 (농업용 필름, 양파망, 축산용 톱밥 등) | 부가가치세 확정신고 후 약 30일 이내 |
면세 적용 | 농업용 석유류, 축산업용 차량 방역기 등 | 거래 시점에서 분리증명서 발급 |
부가가치세 신청 방법
자산을 취득할 때 ‘언제, 어떤 용도’로 사용하는지가 세제 감면의 핵심 기준이에요.
- 거래 영수증(세금계산서)과 농업경영체 등록증을 관할 세무서에 제출
- 환급금은 신고 후 약 30일 내 지급
4. 정부지원사업 — 자금·기술·청년농 중심 지원
세제 혜택 외에도 농업회사법인은 다음과 같은 정부 지원 프로그램을 활용할 수 있어요.
제도 | 지원 내용 |
|---|---|
스마트팜 창업 정책 자금 | 첨단 농업시설 구축을 위한 저리 창업 자금 지원 |
농업종합자금 | 원예·축산업 경영체를 위한 시설 개보수·운영자금 융자 |
농기계구입자금 | 농기계 구입가격의 최대 80% 저금리 지원 |
청년농업인 영농정착지원금 | 18~39세 청년농 대상, 월 최대 110만 원 3년간 지원 |
창업 자금, 기자재 구입비, 청년농 정착금 등은 세제 혜택과 함께 활용하면 재정 부담을 크게 줄일 수 있어요.
5. 농업회사법인 설립 요건 및 절차
- 발기인은 모두 농업인이어야 함
- 업무집행사원의 1/3 이상이 농업인일 경우 농지 소유 가능
- 법인 설립 시, 반드시 관할 지자체에 설립 사전 신고를 해야 함 (지자체 신고확인증을 법인등기 시 첨부해야 함)
- 관련 가이드: 농업회사법인 설립 가이드
6. ZUZU와 함께하는 농업회사 설립
법인 설립은 단순히 회사를 만드는 절차가 아니라, 향후 투자 유치, 임직원 관리, 세제 혜택 적용까지 이어지는 기업 운영의 출발점이에요.
ZUZU는 파트너 로펌과 함께 정관 작성, 등기, 사전 신고까지 통합적으로 관리해요. 농업회사법인이 법적 요건과 절세 구조를 놓치지 않도록 지원해 드려요!
- 👉 더 알아보기
기업 성장에 힘이 될 콘텐츠를 매주 받아보세요!
구독하기